溯源“奧密克戎”:說(shuō)出你的秘密 揭秘市疾控新冠病毒基因測(cè)序?qū)嶒?yàn)室
發(fā)布時(shí)間：2022-04-02 14:03:23
文章來(lái)源：大眾報(bào)業(yè)·半島網(wǎng)
文/圖 半島全媒體記者 齊娟青島市曾公布本輪新冠肺炎疫情的病毒基因組序列,公布疫情全基因測(cè)序結(jié)果與我國(guó)本土和入境人員病例基因庫(kù)比對(duì)情況
文/圖 半島全媒體記者 齊娟
青島市曾公布本輪新冠肺炎疫情的病毒基因組序列,公布疫情全基因測(cè)序結(jié)果與我國(guó)本土和入境人員病例基因庫(kù)比對(duì)情況。通報(bào)中,這些專(zhuān)業(yè)結(jié)論是如何得到的?新冠病毒全基因組測(cè)序工作又是如何開(kāi)展的?日前,半島全媒體記者跟隨市疾病預(yù)防控制中心應(yīng)急檢測(cè)組,了解新冠病毒全基因組測(cè)序的方方面面。
確定基因型別
進(jìn)行新冠病毒基因溯源
來(lái)到青島市疾病預(yù)防控制中心的微生物檢驗(yàn)科,長(zhǎng)長(zhǎng)的走廊兩邊都是不同功能的實(shí)驗(yàn)室。根據(jù)工作劃分,實(shí)驗(yàn)室配備了核酸提取儀、核酸定量?jī)x、熒光定量PCR儀(基因擴(kuò)增儀)、普通PCR儀、全自動(dòng)分子診斷系統(tǒng)、全自動(dòng)分杯處理系統(tǒng)和二代測(cè)序儀等先進(jìn)儀器設(shè)備。
據(jù)工作人員介紹,市疾控中心承擔(dān)了全市新冠病毒疑似陽(yáng)性樣本的復(fù)核和全基因組測(cè)序工作。
“一旦全市醫(yī)療衛(wèi)生機(jī)構(gòu)、第三方檢測(cè)機(jī)構(gòu)等具有新冠病毒核酸檢測(cè)資質(zhì)的單位篩查出陽(yáng)性的樣本,就會(huì)樣本送到市疾控中心新冠實(shí)驗(yàn)室。對(duì)于復(fù)核陽(yáng)性的首發(fā)病例、指示病例及入境人員病例的核酸樣本,我們會(huì)在第一時(shí)間進(jìn)行全基因組測(cè)序工作,來(lái)確定病毒的基因型別,并進(jìn)行新冠病毒基因溯源。”市疾控中心微生物檢驗(yàn)科主任、應(yīng)急檢測(cè)組組長(zhǎng)汪照國(guó)介紹道。
“國(guó)標(biāo)”72小時(shí)
青島最快24小時(shí)出結(jié)果
應(yīng)急檢測(cè)組成員劉思彤介紹,完成數(shù)據(jù)比對(duì)后,還要及時(shí)撰寫(xiě)全基因組測(cè)序分析報(bào)告。
“每個(gè)病例基因組序列全長(zhǎng)多少,為奧密克戎變異株哪一進(jìn)化分支,與哪個(gè)首發(fā)或指示病例共享最多突變位點(diǎn),或又在此基礎(chǔ)上增加了哪個(gè)突變位點(diǎn),推斷可能與哪次疫情為同一傳播鏈。”劉思彤介紹,若青島的數(shù)據(jù)庫(kù)查無(wú)此例,則需要與省疾控、國(guó)家疾控的數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)。
“國(guó)家對(duì)新冠病毒測(cè)序工作要求的時(shí)長(zhǎng)是72小時(shí)出結(jié)果,經(jīng)過(guò)我們團(tuán)隊(duì)的不斷努力,可以40個(gè)小時(shí)完成樣品的接收、處理與分析工作。對(duì)于一些特殊的樣本,最快可以在24小時(shí)內(nèi)得到測(cè)序結(jié)果。全基因組測(cè)序工作在國(guó)家和省級(jí)專(zhuān)家的支持下,在青島市各級(jí)領(lǐng)導(dǎo)的關(guān)懷下,有了突飛猛進(jìn)的發(fā)展。”汪照國(guó)說(shuō)道。
汪照國(guó)介紹,青島市疾控還具有第三代全基因組測(cè)序能力,“二代和三代測(cè)序技術(shù)相結(jié)合,能夠?yàn)橥话l(fā)公共衛(wèi)生事件中的全基因組測(cè)序工作設(shè)置‘雙保險(xiǎn)’。”
標(biāo)簽： 市疾控中心 病毒基因 突變位點(diǎn)
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舊怨新仇，籃網(wǎng)跟雄鹿的東決級(jí)對(duì)決
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楊學(xué)增：今天主要?jiǎng)僭谒枷牒托膽B(tài)上
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