溯源“奧密克戎”:說出你的秘密 揭秘市疾控新冠病毒基因測序實驗室
發布時間：2022-04-02 14:03:23
文章來源：大眾報業·半島網
文/圖 半島全媒體記者 齊娟青島市曾公布本輪新冠肺炎疫情的病毒基因組序列,公布疫情全基因測序結果與我國本土和入境人員病例基因庫比對情況
文/圖 半島全媒體記者 齊娟
青島市曾公布本輪新冠肺炎疫情的病毒基因組序列,公布疫情全基因測序結果與我國本土和入境人員病例基因庫比對情況。通報中,這些專業結論是如何得到的?新冠病毒全基因組測序工作又是如何開展的?日前,半島全媒體記者跟隨市疾病預防控制中心應急檢測組,了解新冠病毒全基因組測序的方方面面。
確定基因型別
進行新冠病毒基因溯源
來到青島市疾病預防控制中心的微生物檢驗科,長長的走廊兩邊都是不同功能的實驗室。根據工作劃分,實驗室配備了核酸提取儀、核酸定量儀、熒光定量PCR儀(基因擴增儀)、普通PCR儀、全自動分子診斷系統、全自動分杯處理系統和二代測序儀等先進儀器設備。
據工作人員介紹,市疾控中心承擔了全市新冠病毒疑似陽性樣本的復核和全基因組測序工作。
“一旦全市醫療衛生機構、第三方檢測機構等具有新冠病毒核酸檢測資質的單位篩查出陽性的樣本,就會樣本送到市疾控中心新冠實驗室。對于復核陽性的首發病例、指示病例及入境人員病例的核酸樣本,我們會在第一時間進行全基因組測序工作,來確定病毒的基因型別,并進行新冠病毒基因溯源。”市疾控中心微生物檢驗科主任、應急檢測組組長汪照國介紹道。
“國標”72小時
青島最快24小時出結果
應急檢測組成員劉思彤介紹,完成數據比對后,還要及時撰寫全基因組測序分析報告。
“每個病例基因組序列全長多少,為奧密克戎變異株哪一進化分支,與哪個首發或指示病例共享最多突變位點,或又在此基礎上增加了哪個突變位點,推斷可能與哪次疫情為同一傳播鏈。”劉思彤介紹,若青島的數據庫查無此例,則需要與省疾控、國家疾控的數據庫進行比對。
“國家對新冠病毒測序工作要求的時長是72小時出結果,經過我們團隊的不斷努力,可以40個小時完成樣品的接收、處理與分析工作。對于一些特殊的樣本,最快可以在24小時內得到測序結果。全基因組測序工作在國家和省級專家的支持下,在青島市各級領導的關懷下,有了突飛猛進的發展。”汪照國說道。
汪照國介紹,青島市疾控還具有第三代全基因組測序能力,“二代和三代測序技術相結合,能夠為突發公共衛生事件中的全基因組測序工作設置‘雙保險’。”
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