行政許可程序的特別規定有：
(一)特許程序
特許是行政機關代表國家向被許可人授予某種權利的許可方式，主要適用于自然資源的開發利用、公共資源的配置以及直接關系公共利益的特定行業的市場準入等，需要賦予特定權利的事項，即《行政許可法》第12條第2項所列事項的行政許可。
(二)認可程序
認可是行政機關確定申請人是否具備特殊信譽、特殊條件或者特殊技能的許可方式，主要適用于確定申請人是否具備為從事提供公眾服務并且直接關系公共利益的職業、行業所必需的特殊信譽、特殊條件或者特殊技能等資格、資質的事項，即行政許可法第12條第3項所列事項的行政許可。
(三)核準程序
核準是行政機關對某些事項是否達到特定技術標準、技術規范作出判斷的許可方式，主要適用于直接關系公共安全、人身健康、生命財產安全的重要設備、設施、產品、物品，需要按照技術標準、技術規范，通過檢驗、檢測、檢疫等方式進行審定的事項，即《行政許可法》第12條第4項所列事項的行政許可。比如，消防法規定的消防驗收、國境衛生檢疫法規定的動植物進出境檢疫等。
二、行政許可的種類
從行政許可的性質、功能和適用條件的角度來說，大體可以劃分為五類：普通許可、特許、認可、核準、登記。
(一)普通許可
普通許可是準許符合法定條件的相對人行使某種權利的行為。凡是直接關系國家安全、公共安全的活動，基于高度社會信用的行業的市場準入和法定經營活動，直接關系到人身健康、生命財產安全的產品、物品的生產及銷售活動，都適用于普遍許可。如游行示威的許可，煙花爆竹的生產與銷售的許可等。
普通許可有二個顯著特征：一是對相對人行使法定權利附有一定的條件;二是一般沒有數量控制。
(二)特許
特許是行政機關代表國家向被許可人授予某種權力或者對有限資源進行有效配置的管理方式。主要適用于有限自然資源的開發利用、有限公共資源的配置、直接關系公共利益的壟斷性企業的市場準入。如出租車經營許可、排污許可等。
特許有二個主要特征：一是相對人取得特許后，一般應依法支付一定的費用，所取得的特許可以轉讓、繼承;二是特許一般有數量限制，往往通過公開招標、拍賣等公開、公平的方式決定是否授予特許。
(三)認可
認可是對相對人是否具有某種資格、資質的認定，通常采取向取得資格的人員頒發資格、資質證書的方式，如會計師、醫師的資質。
認可有四個特征：一是主要適用于為公眾提供服務、與公共利益直接有關，并且具有特殊信譽、特殊條件或特殊技能的自然人、法人或者其他組織的資格、資質的認定;二是一般要通過考試方式并根據考核結果決定是否認可;三是資格資質是對人的許可，與人的身份相聯系，但不能繼承、轉讓;四是沒有數量限制。
(四)核準
核準是行政機關按照技術標準、經濟技術規范，對申請人是否具備特定標準、規范的判斷和確定。主要適用于直接關系公共安全、人身健康、生命財產安全的重要設備、設施的設計、建造、安裝和使用，以及直接關系人身健康、生命財產安全的特定產品、物品的檢驗、檢疫，如電梯安裝的核準，食用油的檢驗。
核準有三個顯著特征：一是依據主要是專業性、技術性的;二是一般要根據實地驗收、檢測來決定;三是沒有數量限制。
(五)登記
登記是行政機關對個人、企業是否具有特定民事權利能力和行為能力的主體資格和特定身份的確定。如，法人或者其他組織的設立、變更、終止;工商企業注冊登記、房地產所有權登記等。
登記有三個顯著特征：一是未經合法登記的法律關系和權利事項，是非法的，不受法律保護;二是沒有數量限制;三是對申請登記材料一般只進行形式審查，即可當場做出是否準予登記的決定。
三、行政許可的基本特點
(一)行政許可是依法申請的行為。
(二)行政許可內容是國家一般禁止的活動。
(三)行政許可是行政主體賦予行政相對方某種法律資格或法律權利的具體行政行為。行政許可是針對特定的人、特定的事作出的具有授益性的一種具體行政行為。
(四)行政許可是一種外部行政行為。行政許可是行政機關針對行政相對方的一種管理行為，是行政機關依法管理經濟和社會事務的一種外部行為。行政機關審批其他行政機關或者其直接管理的事業單位的人事、財務、外事等事項的內部管理行為不屬于行政許可。
(五)行政許可是一種要式行政行為。
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